AspergIS : un projet collaboratif pour mieux comprendre les infections fongiques chez les patients transplantés

Les infections fongiques invasives causées par la moisissure omniprésente Aspergillus fumigatus sont responsables d'une morbidité et d'une mortalité élevées chez les patients transplantés. Cependant, les connaissances concernant le comportement de ce champignon filamenteux et la physiopathologie des infections à A. fumigatus dans ce contexte clinique spécifique restent insaisissables. Bien qu'il y ait de plus en plus de preuves que les régimes antimicrobiens recommandés pour prévenir les maladies infectieuses chez ces patients ont le potentiel de promouvoir la sélection d'isolats fongiques moins sensibles, la façon dont le régime immunosuppresseur peut influencer la biologie des principaux pathogènes fongiques reste à explorer. Sur cette base, notre proposition de recherche étudiera à grande échelle l'impact des principales thérapies immunosuppressives utilisées chez les patients transplantés pour prévenir le rejet d'organes/cellules sur la biologie et l'évolution génétique d'A. fumigatus.

Plus spécifiquement, ce programme scientifique de 36 mois vise à (i) déterminer la capacité des immunosuppresseurs à influencer la physiologie d'A. fumigatus ; (ii) caractériser les changements phénotypiques d'A. fumigatus sélectionnés par une exposition in vitro à long terme aux immunosuppresseurs et déchiffrer les déterminants génétiques sous-jacents ; et (iii) tester la pertinence clinique des observations in vitro en effectuant des caractérisations phénotypiques et génotypiques sur des isolats cliniques d'A. fumigatus prélevés chez des patients greffés.

Ce projet de 5 lots de travail sera basé sur une approche multidisciplinaire comprenant des stratégies complémentaires telles que l'évolution adaptative en laboratoire, l'analyse du phénotype, le séquençage du génome entier et les techniques de pointe d'édition du génome pour déchiffrer l'incidence de l'exposition à long terme aux immunosuppresseurs actuellement utilisés sur l'adaptation au stress, la résistance aux médicaments, les interactions hôte-pathogène et les variations génomiques d'A. fumigatus. Les réponses à ces questions sont d'une importance capitale car elles peuvent avoir un impact sur l'incidence, la progression de la maladie et le risque global d'échec thérapeutique.